超过90天不好申请开红字发票。因为过了90天已经过了发票认证期限，而且在本例中，对方已经认证。
若在90天之内要开红字也要经过以下程序：
1、购方到主管税务机关打退发票申请单。
2、购方税务机关审批后开具通知单。
3、购方提供通知单给销售方，销售方根据通知单再到销售方主管税务机关开具红字发票申请单
4、销方主管税务机关根据红字发票申请单出具通知单，根据这个通知单才能开具红字发票。
从今年11月1日起，开票系统升级了，开具红字发票的以上程序可以在开票系统里完成。购方和销方均可在开票系统内打申请。然后再生成到U盘到税务机关审批。
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