后来签订的合同与原合同是什么关系？如果后面的合同是对原合同的补充，则两份合同的款项可以放在一起结算。“两年内把合同款结清”，不太清楚你的意思。法律上规定，如果合同中约定了付款期限的，如果没有在付款期限过后的两年内主张付款，则对方可以不承担付款责任。以上意见，仅供参考。
