我国的出入境检验检疫系统的机构不是按照行政区域和级别设置的，而是根据各地开放型经济发展和进出口商品业务量设置的，一般在边境省区特别是东部沿海发达地区设置较多。
比如，在浙江省就设置了浙江出入境检验检疫局、宁波出入境检验检疫局这两个都是隶属于国家质检总局的正厅级直属检验检疫局。其中：宁波出入境检验检疫局承担宁波地区及浙江省内外从宁波口岸出入境的人员、货物和交通工具检验检疫、鉴定和监管的重要职责，业务量占全浙江省检验检疫业务量的50%以上，位列全国35个直属检验检疫局前10位。浙江省的其他地区均由浙江出入境检验检疫局管辖，下属的分支机构设置除了在地级市之外，还在嵊泗、义乌、萧山这三个县（市）区设置，但级别都是属于正处级的。
还有，浙江出入境检验检疫局的下属分支机构中包括温州出入境检验检疫局，为浙江出入境检验检疫局（简称“省局”）的直属机构，实行由省局直接领导的垂直管理体制， 也属于正处级。
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