PCR都是以DNA为模板的，所谓RT-PCR 是逆转录PCR，顾名思义是在PCR反应前加了一步逆转录的过程。一般的PCR是已总DNA或质粒DNA为模板来进行的反应；而RT-PCR 是以提取的总RNA为模板（实际上是其中的mRNA），经逆转录反应转为与之互补的cDNA，再以这个cDNA为真正的模板来进行PCR反应。
RT-PCR 目前有一步法和两步法：一步法是以总RNA为模板，在一管反应中既实现了RT的过程又实现了PCR的过程。优点是节省样品，步骤简单，缺点是两步酶促反应都不能在最优的条件下进行（主要是两种酶）；两步法是在两个独立的体系中进行的，在一管反应中先完成RT的过程，得到的cDNA分管保存后可以立刻进行PCR反应或以后进行。优点是两步酶促反应都是在各自最优的条件下进行的，效率高，而且cDNA的稳定性要比RNA强的多，可以慢慢摸索后续的实验条件而不必担心样品降解。
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