1944年6月,戈培尔出任德国总体战动员委员会全权总监。7月20日,德国发生谋杀希特勒事件。戈培尔积极组织镇压并及时通过广播电台发布挫败谋杀的公告,使奄奄一息的纳粹政权又缓过劲来,8月24日,为了挽救第三帝国,戈培尔下达总动员令。
1945年1月,戈培尔出任柏林城防司令,鼓吹焦土政策和毒气战,下令枪毙被俘盟军飞行员,主张固守柏林。4月,戈培尔夫妇迁居总理府地下室。这时,希特勒已决定自杀,并立下遗嘱任命邓里兹为总统、戈培尔为总理。
戈培尔或许已意识到纳粹政权的崩溃,写下《元首政治遗嘱的附录》,声称””要在元首身边结束我的生命””,””在今后的艰苦岁月里,树立榜样比活着更为重要””。5月1日,戈培尔夫妇先让党卫队员毒死他们的6个孩子,然后让党卫队员从背后开枪——结束了他们的生命。