已经起诉? 应该是已经提起劳动仲裁了吧?
解除劳动合同的补偿金的计算基数是以"解除劳动合同之日前12个月的平均工资"为标准的.所以你们单位只以劳动合同上的工资数作为补偿标准进行计算的话是违法的.
劳动合同法 第四十七条 第三款:本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
另:如果你们单位没有提前30天通知你解除劳动合同或者额外支付你一个月工资就直接解除劳动合同的话,还要承担违法解除劳动合同的赔偿责任.
可以尝试着去申请劳动仲裁吧,都签了解除协议了,对你们很不利,除非你们能拿出充足的证据证明公司有违法行为。