没有办法处理，要知道无论962号文件（原规定）还是156号文件（新规定），开具负数发票的前提都是“发生销货退回、开票有误或者因销货部分退回及发生销售折让的”可以开具负数发票，而单纯的因为没有在认证期内进行认证并抵扣是不允许开具负数发票的，虽然国税发（2007）18号文件规定2007年前开具的发票在2007年4月30日前按照原规定执行，由于发票没有在规定的期限认证不属于“发生销货退回、开票有误或者因销货部分退回及发生销售折让的”所以不能开具负数发票。
别太悲观，也许还有办法。
国家税务总局在 二○○七年二月十六日《关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》规定对2006年开具的专用发票，在2007年4月30日前可按照原规定开具红字专用发票。
原规定参考国税函「2003」962号，销货方如果在开具蓝字专用发票的次月及以后收到购货方退回的发票联和抵扣联，不论是否已将记帐联作帐务处理，一律通过防伪税控系统开具负数专用发票扣减销项税额的凭证，不得作废已开具的蓝字专用发票，也不得以红字普通发票作为扣减销项税额的凭证。
如果税务机关有异议的话，你可以拿着上面两个文件和他们评理。
不过以后在工作中一定要多注意，下一步实施管理后可真的象楼上说的那样，没有办法了。
楼上的说的有道理，但实际操作中是不太容易区分是“销货退回、开票有误或者因销货部分退回及发生销售折让的”和“未在规定期内认证”。国家税务总局给出的新文件就是为了防止有些企业发票超期未认证的事情。
再说根据税收不重复征税的原则，我觉得税总规定3个月内必须认证就有点不太合理！！
怎么不好区分呢？如果开具负数发票以后，再开具一份同样的蓝字发票肯定是未在规定的期限内认定并抵扣而退回重开的发票，而发生销货退回、开票有误或者因销货部分退回及发生销售折让的情况，开具负数发票后不可能再开具与原蓝票一样的蓝字发票的。
没办法任倒霉吧,记得下次邮寄发票的时候给对方打个电话.
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