A、钠与水的反应的离子方程式为：2Na+2H2O=2Na++2OH-+H2↑，故A错误；
B、过量的NaHSO4与Ba（OH）2溶液反应溶液呈中性，反应生成硫酸钡、硫酸钠和水，其离子方程式为：Ba2++2OH-+2H++SO42-═BaSO4↓+2H2O，故B正确；
C、反应生成的氢氧化镁是难溶物质，不能拆开，所以硫酸镁溶液跟氢氧化钡溶液反应的离子方程式为：Mg2++2OH-+SO42-+Ba2+=BaSO4↓+Mg（OH）2↓，故C错误；
D、醋酸是弱酸属于弱电解质要写成分子式，所以碳酸钙溶于醋酸中离子方程式为：CaCO3+2CH3COOH=Ca2++H2O+CO2↑+2CH3COO-，故D错误；
故选B．
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